当センターは、肢体の不自由なお子さまのための病院および入所施設として、昭和33年、国家公務員共済組合連合会により「舞鶴共済整肢学園」として開設されました。その後、増加する入所児童に対応すべく、昭和54年に「京都府立舞鶴こども療育センター」として生まれ変わり、病床数も増設されました。
さらに今日までの歩みの中で、在宅で療育されているお子さまの支援や地域における疾病の予防・早期発見をめざし、医療・福祉サービスの充実を図っています。
| 昭和33年12月 | 肢体不自由児施設舞鶴共済整肢学園が整形外科病院ならびに児童福祉施設として京都府知事より、施設認可収容児童定員40名で発足 |
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| 昭和34年4月 | 舞鶴市立三笠小学校整肢学園内特殊学級併設認可 |
| 昭和36年4月 | 舞鶴市立青葉中学校整肢学園内特殊学級併設認可 |
| 昭和54年3月 | 舞鶴共済整肢学園廃止 |
| 昭和54年4月 | 京都府立舞鶴こども療育センター開所 許可病床数：60床 診療科：整形外科 小児科 リハビリテーション科 歯科 京都府より舞鶴こども療育センターの管理運営を国家公務員共済組合連合会が受託 |
| 昭和54年5月 | 身体障害者診断指定医療機関に認定 |
| 昭和55年8月 | 外来療育事業の拡大（通所訓練） 地域療育事業の取り組み 訪問療育相談（京都府北部地域） 地域ことばの相談（宮津、福知山） |
| 昭和57年10月 | 小児慢性特定疾患治療研究事業契約機関に認定 |
| 昭和58年4月 | 日本整形外科学会認定医制度研修施設認定 府立看護学校看護実習指定病院 |
| 平成15年4月 | 精神科を追加標榜 |
| 平成18年1月 | 重症心身障害児（者）通園事業B型実施 |
| 平成18年10月 | 障害者自立支援法による短期入所、契約入所実施 |
| 平成24年4月 | 医療型障害児入所施設に移行 |
| 平成28年4月 | 舞鶴市字行永2410番地に新築移転 許可病床数：35床 診療科：小児科、整形外科、精神科、小児外科、歯科、リハビリテーション科 地域医療支援室を新設 訪問支援事業の実施（保育所等訪問支援事業 |
